Flagermus (latin: Chiroptera) er en orden af forholdsvis små flyvende pattedyr. Faktisk er de de eneste egentlig flyvende pattedyr, til gengæld er de mangfoldige i antallet af arter. Flagermusarter udgør 1/4 af alle kendte pattedyrarter. Hos flagermus er digitus médius, digitus anuláris og digitus mínimus (“lange”-, “ring”- og “lillefingeren”) abnormt forlænget, mens digitus secundus (“pegefingeren”) er mindre forlænget. Mellem kroppen og disse fingre er der udspændt en vingemembran (patagium), der er et dobbelt lag hud. Der er også vingemembraner mellem benene og evt. halen. Den første finger på “hånden” er udstyret med kløer og kan bruges til at gribe føde og klatre med. De mange vingemembraner mellem flere fingre, gør vingen mere robust mod sønderrivning. Flagermus er ikke blinde. De fleste arter er nataktive og mange orienterer sig derfor via deres ultralydssonar. Nogle nektardrikkende flagermus kan se UV-lys om natten. Denne egenskab anvendes til at finde blomster. Flagermus hørende til Megachiroptera (storflagermus) lever primært af frugt og/eller nektar, som de lugter sig frem til. Med undtagelse af slægten Rousettus benytter storflagermus sig ikke af ultralydssonar og har større øjne og mindre ører. Microchiroptera (småflagermus) lever af insekter, smådyr, fisk, blod eller nektar. Anvendelsen af ultralydssonar fordrer diverse abnorme ansigtsstrukturer; ørerne kan være stærkt forstørrede, med tragi (ørelapper) der forbedrer effekten samt snudelapper. Alle de danske flagermusarter hører under familien Barnæserne (Vespertilionidae). Flere arter af slægten Myotis overvintrer i de danske kalkgruber f.eks. Mønsted kalkgruber.